وی در روزهای آغازین انقلاب عکاسی را به‌طور آماتور آغاز کرد و با شروع جنگ ایران و عراق، به صورت حرفه‌ای به ادامه آن پرداخت و پس از آن به ساخت فیلم مستند از عملیات مختلف دفاع مقدس پرداخت و فیلم کوتاه شاه کوچک را با دوربین ۱۶ میلی متری ساخت که موفق به دریافت جایزه بهترین فیلم از جشنواره وحدت شد. او نخستین فیلم بلند خود را در سال ۱۳۶۳ با نام نینوا با دوربین ۱۶ میلی متری ساخت و به این ترتیب به سینمای حرفه‌ای راه یافت. با ساخت پرواز در شب (۱۳۶۵) جایزه بهترین فیلم را از جشنواره پنجم فیلم فجر بدست آورد. با افق قدرت کارگردانی خود را به رخ همگان کشید و با ساخت مجنون و خسوف همگام با شرایط روز حرکت کرد. اما با فیلم پناهنده نزد منتقدان به محبوبیت رسید و در سال ۱۳۷۴ اثر قابل‌توجه‌اش سفر به چزابه را ساخت. شکست سفر به چزابه در اکران عمومی و توقیف نجات یافتگان، ملاقلی پور را واداشت تا برای جبران ضرر، بدترین فیلم کارنامه اش را رقم بزند: کمکم کن. و برای اثبات توانایی‌هایش یک سال بعد هیوا را ساخت که در جشنواره هفدهم فیلم فجر جایزه بهترین کارگردانی و بهترین فیلم را علاوه بر جوایز دیگر نصیب خود کرد. در سال ۱۳۷۸ ملاقلی‌پور فیلم سه اپیزودی نسل سوخته را ساخت. قارچ سمی که در سال ۱۳۸۰ ساخته شد، تمام ضعف‌های کمکم کن و تمام قوت‌های نسل سوخته را یکجا با خود داشت. یک فیلم خوش ساخت با شخصیت‌ها و نگاهی آشفته و روان‌پریش. میم مثل مادر ملاقلی‌پور که با استقبال عمومی مواجه شده بود یکی از آخرین فیلم‌های او بود.

ملاقلی‌پور در سفر خود به کربلا برای بازدید لوکیشن‌ها از فرصت استفاده کرد و مستندی نیز به نام شش گوشه عرش را جلوی دوربین برد که آخرین اثر او محسوب می‌شود. او در سفرش به کربلا متوجه شد که هنرمندان برجسته اصفهانی در آنجا مشغول طراحی ضریح امام حسین بن علی هستند. دو شب حضور در کنار این هنرمندان به فیلم مستندی بدل شد. قرار بود بخش دیگر از تصویربرداری این فیلم مستند نیز در اصفهان انجام شود. ملاقلی‌پور این فیلم را به صورت افتخاری کارگردانی کرد.

کارگردان و نویسندهمیم مثل مادر (۱۳۸۵)مزرعه پدری (۱۳۸۱)قارچ سمی (۱۳۸۰)نسل سوخته (۱۳۷۸)هیوا (۱۳۷۷)کمکم کن (۱۳۷۷)سفر به چزابه (۱۳۷۴)نجات یافتگان (۱۳۷۴)پناهنده (۱۳۷۲)خسوف (۱۳۷۱)مجنون (۱۳۶۹)افق (۱۳۶۷)پرواز در شب (۱۳۶۵)بلمی به سوی ساحل (۱۳۶۴)نینوا (۱۳۶۲)

نویسندهدشت ارغوانی (۱۳۷۳)لبه تیغ (۱۳۷۱)کاندید سیمرغ بلورین بهترین فیلم (قارچ سمی)دوره ۲۰ جشنواره فیلم فجر (مسابقه سینمای ایران) - سال ۱۳۸۰کاندید سیمرغ بلورین بهترین فیلمنامه (قارچ سمی)دوره ۲۰ جشنواره فیلم فجر (مسابقه سینمای ایران) - سال ۱۳۸۰کاندید سیمرغ بلورین بهترین کارگردانی (سفر به چزابه)دوره ۱۴ جشنواره فیلم فجر (مسابقه سینمای ایران) - سال ۱۳۷۴کاندید سیمرغ بلورین بهترین فیلمنامه (هیوا)دوره ۱۷ جشنواره فیلم فجر (مسابقه سینمای ایران) - سال ۱۳۷۷برنده سیمرغ بلورین بهترین کارگردانی (هیوا)دوره ۱۷ جشنواره فیلم فجر (مسابقه سینمای ایران) - سال ۱۳۷۷برنده سیمرغ بلورین بهترین فیلم (هیوا)دوره ۱۷ جشنواره فیلم فجر (مسابقه سینمای ایران) - سال ۱۳۷۷کاندید سیمرغ بلورین بهترین فیلم اول و دوم (افق)دوره ۷ جشنواره فیلم فجر (فیلم‌های اول و دوم) - سال ۱۳۶۷کاندید تندیس زرین فیلم منتخب انجمن نویسندگان و منتقدان (قارچ سمی)دوره ۷ جشن خانه سینما (مسابقه) - سال ۱۳۶۲برنده لوح زرین بهترین فیلم (پرواز در شب)دوره ۵ جشنواره فیلم فجر (مسابقه سینمای ایران) - سال ۱۳۶۵کاندید لوح زرین بهترین فیلمنامه (پرواز در شب)دوره ۵ جشنواره فیلم فجر (مسابقه سینمای ایران) - سال ۱۳۶۵کاندید لوح زرین بهترین فیلم سال (قارچ سمی)دوره ۳ منتخب سایت ایران اکتور (بهترین‌های سال) - سال ۱۳۸۲کاندید لوح زرین بهترین کارگردان سال (قارچ سمی)دوره ۳ منتخب سایت ایران اکتور (بهترین‌های سال) - سال ۱۳۸۲

برنده لوح زرین بهترین فیلم سال (نسل سوخته)دوره ۱ منتخب سایت ایران اکتور (بهترین‌های سال) - سال ۱۳۸۰کاندید لوح زرین بهترین کارگردان سال (نسل سوخته)دوره ۱ منتخب سایت ایران اکتور (بهترین‌های سال) - سال ۱۳۸۰کاندید لوح زرین بهترین فیلمنامه سال (نسل سوخته)دوره ۱ منتخب سایت ایران اکتور (بهترین‌های سال) - سال ۱۳۸۰سومین فیلم سال (پناهنده)دوره ۹ منتخب نویسندگان و منتقدان (بهترین‌های سال) - سال ۱۳۷۳سومین فیلم سال (سفر به چزابه)دوره ۱۱ منتخب نویسندگان و منتقدان (بهترین‌های سال) - سال ۱۳۷۵پنجمین فیلم سال (نسل سوخته)دوره ۱۵ منتخب نویسندگان و منتقدان (بهترین‌های سال) - سال ۱۳۷۹نهمین فیلم سال (مجنون)دوره ۶ منتخب نویسندگان و منتقدان (بهترین‌های سال) - سال ۱۳۷۰دهمین فیلم سال (هیوا)دوره ۱۵ منتخب نویسندگان و منتقدان (بهترین‌های سال) - سال ۱۳۷۹انتخاب ویژه سال (نسل سوخته)دوره ۱۵ منتخب نویسندگان و منتقدان (بهترین‌های سال) - سال ۱۳۷۹رسول ملاقلی پور که تا آخرین لحظات عمر خود تعهدش را به جنگ و فیلمسازی و کار در این زمینه انجام می‌داد عاقبت در راه همین تعهد جان باخت. وی که به عراق برای دیدن لوکیشن فیلم بعدی خود که آن هم به مقولهٔ جنگ می‌پرداخت رفته بود، در ۱۶ اسفند ۱۳۸۵ بر اثر سکتهٔ قلبی جان باخت و آخرین ساختهٔ خود را نیمه تمام گذاشت.به پاس قدردانی از زحمات رسول ملاقلی پور فیلمساز فقید اردبیلی به پیشنهاد استاندار اردبیل، در مراسم اختتامیه اولین جشنواره میلاد سرخ خیابانی به افتخار وی نامگذاری می‌گردد.